6月27日，旗卫生局在得知五分地镇头分地地区发生特大洪水灾害的灾情后，立即启动了《突发公共事件卫生应急工作预案》，对灾区的卫生防疫、医疗救治等工作进行了周密安排部署，确保大灾之后无大疫。
　　一、高度重视、认识到位
　　翁旗卫生局在获知灾情后，立即对抗灾防病工作提出明确要求：一是要求旗医院120和五分地镇中心卫生院、头分地卫生院，全力做好灾区伤员救治工作，确保灾区伤员生命安全；二是要求旗疾病预防控制中心全力做好灾区传染病监测及消杀灭工作，严防传染病疫情发生；三是要求卫生监督所要加强灾区的环境、食品及饮用水的监督监测管理，确保灾区群众饮食安全。
　　二、保障有力、组织到位
　　一是针对灾区、灾情实际，迅速制定了《翁牛特旗卫生系统抗洪救灾防病工作方案》，使卫生应急工作有了具体指导。二是成立了工作领导组织，组建了卫生防疫、卫生监督、医疗救护、后勤保障四个工作组，做到了救灾工作任务明确、职责分明。三是及时启用了卫生应急储备物资，为救灾防病工作提供充足保障。
　　三、协调联动，行动到位
6月28日，旗卫生局组织旗疾病预防控制中心6名专业技术人员赶赴灾区一线，同时还抽调临近卫生院6名防疫员充实到救灾队伍之中。目前，各卫生防疫工作组正全力开展疫情监测、消毒和灾区环境处理工作，同时及时对灾区卫生防疫工作进行评估。
　　四、强化职责，措施到位
　　一是强化人员职责。实行救灾现场总指挥负总责，各工作组长具体抓，工作人员各司其职、责任到人，形成上下联动，纵向到底、横向到边的现场卫生防控网络。二是明确救灾各阶段工作职责。将救灾工作分三个阶段开展，第一阶段开展灾区环境消杀灭工作，重点配合旗畜牧部门对在灾害中死亡的畜禽尸体做好无害化处理工作，同时对所有的水源、受灾村落及灾民临时安置点开展了彻底消毒；第二阶段是增设肠道传染病和发热门诊，有针对性的开展了健康教育宣传活动，提高受灾群众的防病防疫意识；第三阶段是对整个救灾防病工作过程及效果进行评估，查找和防范工作漏洞。同时还根据灾区历史传染病监测记录分析，对发生可能性较大的重点加强监测，强化灾后灾区居民的传染病防治管理工作。
至目前，消毒处理人畜饮用集中供水水源1处、消毒受灾房屋550间65610平方米、临时安置点166间房屋19390平方米，排查人员健康状况489人次，发放健康教育宣传单3000余份。